مسجد جامع نایین به عنوان یکی از قدیمی ترین مساجد کشور و وجود ویژگیهای خاص و معماری موجود درآن ، این مسجد را در ردیف مهمترین بناهای تاریخی مساجد کشور قرار داده است .
بنای اولیه مسجد جامع نایین متعلق به قرون دوم تا چهارم هجری می باشد در کتاب مرأۀ البلدان ذکر گردیده ، این بنای تاریخی به دستور عمربن عبدالعزیز اموی ساخته شده است . سبک ساخت این مسجد شبستانی و بسیار شبیه و قابل مقایسه با مسجد تاریخانه دامغان می باشد.

شکل کلی بنا شامل صحن یا حیاط در مرکز بوده و ستونها و رواقها در اطراف آن می باشد. از ویژگیهای مهم معماری مسجد می توان به ستونهای متنوع آن با اشکال مختلف استوانه، مربع، چند ضلعی و … یاد نمود که در سراسر مسجد قابل ملاحظه می باشد .
در بعضی از قسمتهای مسجد نمونه هایی از دیواره های اصلی نیز یافته شده که شامل خشتهای خام با ابعاد۳۸×۳۸×۱۰ می باشد که در دوره های مختلف با کاهگل ، گچ و گل سفید در چند نوبت نمای آن را شکل داده است .
از ویژگیهای مهم معماری مسجد جامع نائین کمر پوشهایی در طرف چپ و راست محراب بوده که در دوره های بعدی به این مسجد الحاق گردیده است که جهت استفاده بانوان در مراسم و مجالس ساخته شده که از نظر ساخت به صورت مسطح ساخته شده است .
از ویژگیهای مهم معماری مسجد زیر زمین و یا سرداب مسجد بوده که در ساخت آن از تکنیک کنداستفاده شده و تماماً در دل زمین حفر گردیده است .
از دیگر بخشهای معماری مسجد وجود پایاب و وضوخانه بوده که در قدیم از طریق آب قنات تامین می شده است .
این مسجد ۶ ورودی داشته که یکی از ورودی های اصلی آن دارای تزئینات بسیار زیبائی بوده که متعلق به دوره ایلخانی می باشد .در شمال مسجد شبستان زیبائی وجود دارد که بادر نظر گرفتن معماری دوره های قبلی در دوره قاجار با معماری کاملاً متفاوت به این مسجد الحاق و اضافه گردیده است .
این مسجد به شماره ۱۴۴ در سال ۱۳۱۰ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده و سالیانه بیش از هزاران گردشگر داخلی و خارجی از آن بازدید می نمایند.