این غار پس از سال‌ها در دوران مزوزوئیک سر از آب بیرون آورده است. تحقیقات انجام شده بر روی خاک این محیط نشانگر این است که در دوره پیش از میلاد هیچ انسانی در آن زندگی نمی کرده و اولین انسان‌هایی که در خود پذیرفته، مربوط به دوران سلوکی، اشکانی، ساسانی و اسلامی بوده اند. در تاریخ 20 بهمن 1318 غار کرفتو به عنوان یکی از ارزشمندترین آثار ملی ایران شناخته شده و به ثبت رسید و یکی از بهترین و زیباترین غارهای ایران است.

طول غار حدود ۷۵۰ متر است و راه‌های فرعی متعددی از آن منشعب می‌شود. غار 4 طبقه دارد و حجاران هنرمند، به زیبایی فضاهایی را در مدخل‌های غار تراشیده و اتاق‌ها، راهرو و دالان‌های متعددی را به‌وجود آورده‌اند.

کتیبه‌ای به زبان یونانی در طبقه سوم این غار به چشم می‌خورد که گواهی از محل دفن هرکول می باشد. معماری طبیعی این غار محققان را بر این باور داشته که، در گذشته این محل به‌عنوان معبد یونانی‌ها و مکانی برای پرستش خدای آنها بوده است.