مسجد سید یکی از مهم‌ترین و زیباترین مساجد شهر اصفهان به شمار می‌آید که یادگاری از قرن سیزدهم هجری و دوران حکومت قاجاریان است.

از آنجا که بنای این مسجد زیبا به دستور حجت‌الاسلام حاج سید باقر شفتی از علمای بزرگ امامیه و در زمان محمدشاه قاجار ساخته شده است، نام این مکان مذهبی به نام بانی آن سید حجت‌الاسلام نام‌گذاری شده است.

از بخش‌های اصلی این مسجد می‌توان به چهار در اصلی، دو شبستان بزرگ، دو گنبد کوچک و بزرگ، دو چهلستون، سه ایوان و یک گلدسته بزرگ اشاره کرد، اما به دلیل بی‌توجهی در نگهداری و مرمت قسمت‌های مختلف این بنای زیبا شاهد زوال تدریجی این اثر تاریخی هستیم.