مسجد گنجعلیخان درشمال شرقی میدان و همجوار با کاروانسرای گنجعلیخان قرارگرفته است، فضای داخلی این مسجد کوچک به ابعاد۵×۵/۲۵متر است. این مسجد گنجینه ای ازتزئینات معماری اسلامی دوره صفوی،نظیر گچ بری،کاشی کاری،خطاطی،مقرنس کاری،کاربندی،حجاری ونقاشی های زیبا است. کتیبه پاکارسقف به خط شهاب الدین کرمانی،خطاط عصر صفوی بوده که سوره مبارکه جمعه را بایک رنگ(خط وزمینه)نگاشته است.