زلزله خاموش اصفهان، چند سالی است که این شهر تاریخی را تهدید می‌کند. فرونشست زمین در بخش‌های قابل توجهی از این شهر باعث شده تا بناهای تاریخی هم این تهدید را به‌طور کامل حس کنند. مسجد سید اصفهان هم یکی از شاخص‌ترین بناهای باشکوه دوران قاجار در اصفهان است که تاثیرات فرونشست در نقاط مختلف آن بسیار مشهود است، همان‌طور که کارشناسان هم هشدار داده‌اند امروز ترک خوردن طاق، گنبد، ایوان‌ها، سقف در این بنای تاریخی، این بنای تاریخی را در وضعیت هشدار جدی قرار داده است.