دانشگاه خلیج‌فارس از مهر ۱۳۷۱ با نام دانشگاه بوشهر در دو رشتهٔ مهندسی عمران و رشتهٔ مهندسی مکانیک آغاز به پذیرش دانشجو کرد. این دانشگاه با توجه به موقعیت جغرافیایی و همجواری با آبهای نیلگون خلیج فارس و تأسیسات عظیم نفت و گاز منطقه ویژه پارس جنوبی به عنوان باند توسعه استان تلقی می‌شود که تا ابتدای سال ۱۳۷۵ نام «دانشگاه بوشهر» را بر خود داشت و با تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسماً به «دانشگاه خلیج فارس» تغییر نام داد. این دانشگاه اولین دانشگاه دولتیِ وابسته به وزارت علوم در استان بوشهر است.