کاروانسرای خواجه‌نظر بیش از ۴۰۰ سال قدمت دارد و یکی از ۹۹۹ کاروانسرای صفوی محسوب می‌شود. کاروانسراهای دوران صفوی از پلان و معماری مشابهی پیروی می‌کنند. اغلب آن‌ها مدور، چندضلعی، دو ایوانی یا چهارایوانی به همراه تالارهای ستون‌دار بودند، اما کاروانسرای خواجه‌نظر برخی از این موارد را رعایت نکرده و تا حدودی با معماری کاروانسراهای صفوی متفاوت است. علت این امر شاید شخصی بودن بنا و یا موقعیت جغرافیایی کاروانسرا باشد.