گنجینه مسجد جامع یزد با هدف حفاظت و نگهداری از آثار تاریخی و تزئینات وابسته به معماری این بنای باشکوه، شامل کاشی‌های معرق هفت‌رنگ، لعاب‌پران، آجرهای مهری و قالبی، زیلوهای وقفی و پرده خانه خدا، راه‌اندازی شده است. این مجموعه ارزشمند، روایتگر هنر و تاریخ معماری اسلامی در قلب شهر یزد است.